Effet des traitements biologiques sur la flore du lisier de porc : impact sanitaire et suivi moléculaire

/ L'intensification de la production porcine a conduit à privilégier un mode de gestion liquide des déjections animales qui engendre une pollution pouvant non seulement perturber l'environnement mais aussi porter atteinte à la santé de l'homme et de l'animal. Il existe un risque sanitaire lié à l'utilisation des effluents d'élevage qui sont susceptibles d'héberger des virus, des parasites et des bactéries. Toutefois, les connaissances sur le comportement des micro-organismes d'origine fécale au cours des traitements et après l'épandage restent encore lacunaires. L'objectif de l'étude est de comparer l'impact de 4 filières de traitement du lisier de porcs sur des germes d'intérêt sanitaire et sur la flore dominante du lisier. Ainsi, les effluents de 17 élevages porcins bretons ont été analysés par des méthodes culturales classiques et par la méthode de typage moléculaire PCR-SSCP des ADN ribosomiques 16S. Trois indicateurs de traitement, Escherichia coli, les entérocoques et Clostridium perfringens, ainsi que deux germes pathogènes, Salmonella, et Listeria monocytogenes, ont été recherchés. Les résultats des analyses microbiologiques soulignent l'existence d'un risque potentiel de dissémination de bactéries pathogènes qui ont été détectées dans 70 % des échantillons de lisier. La digestion aérobie, qui entraîne une diminution de une à deux unités logarithmiques des concentrations de E. coli et en entérocoques, n'est pas suffisante pour éliminer totalement les germes pathogènes et n'a que peu d'effet sur les spores de C. perfringens. Les analyses moléculaires ont montré une diversité importante de la flore du lisier. Le typage moléculaire met en évidence quatre populations bactériennes dominantes potentiellement spécifiques des lisiers non traités. Les données obtenues au cours de cette étude suggèrent une corrélation entre l'abattement des concentrations en indicateurs fécaux mesuré par méthode culturale et l'évolution des communautés microbiennes observée par PCR-SSCP. Ainsi, en conditions de stockage anaérobie, la communauté microbienne du lisier brut observée par PCR-SSCP et les concentrations en indicateurs fécaux évoluent peu tandis qu'une évolution importante et des abattements sont observés après passage en conditions aérobies.