Les latrines à simple fosse posent des problèmes car elles attirent les mouches, les moustiques et autres insectes, vecteurs de maladies. De plus, elles sont sources d'odeurs fortement gênantes pour le voisinage. Ce type de problèmes peut se résoudre facilement, et à bon marché, par l'installation d'un récipient qui crée un joint hydraulique (ou siphon) dans le trou de défécation (cf. fiche sur les joints hydrauliques).
Latrine à chasse d'eau (Source : Franceys R., Pickford J. & Rreed R., 1995, Guide de l’assainissement individuel, Organisation mondiale de la santé)
On nettoie cette cuvette en y déversant ou plutôt en y jetant quelques litres d'eau après usages. La quantité d'eau variera de un à quatre litres. Celle-ci dépend surtout de la géométrie de la cuvette et de celle du joint. Ces systèmes ne nécessitent que peu d'eau et présentent l'avantage supplémentaire d'atténuer les risques de pollution de l'eau souterraine. Il n'est pas nécessaire que l'eau soit propre, l'eau de lessive, l'eau de toilette ou autre pouvant être utilisée en particulier quand on ne dispose pas d'eau propre en grande quantité. Du fait de la faible quantité d'eau utilisée, les latrines à chasse conviennent bien dans les endroits où l'eau doit être amenée de loin, à partir d'une borne fontaine, d'un puits ou d'une autre source.
On peut fort bien se passer d'un système de ventilation de la fosse. En effet, un évent entraîne un surcoût parfois inacceptable économiquement pour les zones défavorisées alors que les gaz éventuels arrivent à percoler à travers le sol environnant.
Ces latrines conviennent tout particulièrement aux gens qui utilisent de l'eau pour le nettoyage anal et qui s'accroupissent pour déféquer, mais elles peuvent aussi se diffuser avec succès dans les pays où on utilise d'autres matériaux pour se nettoyer. Dans ce cas, il y a un risque d'obstruction quand on jette des matériaux solides dans le récipient, comme du papier kraft ou des feuilles d’épis de maïs. Il est néanmoins préférable de ne pas recommander de jeter ces moyens solides de nettoyage dans un récipient en vue d'une solution séparée. Cette option ne doit être choisie que si l'on peut disposer de moyens permettant de manipuler très soigneusement les déchets et stériliser le récipient. L'obstruction peut être aussi le fait des matériaux utilisés par les femmes qui ont leur règles. Ces matériaux doivent être traités séparément, par exemple en les enterrant ou en les incinérant.
Ces problèmes ne doivent pas être considérés comme des détails car les efforts faits pour désobstruer la cuvette ont souvent pour effet d'endommager le joint hydraulique. Pour amoindrir ce risque, il convient d’utiliser un instrument flexible et souple.