L'enquête sanitaire offre une approche plus globale, donc plus significative de la situation. Elle permet de révéler la vulnérabilité de l'eau par rapport à la pollution et garde toute sa valeur dans le temps.

Dans la plupart des cas, une enquête de terrain peut, à elle seule, donner une idée assez juste de la qualité bactériologique de l'eau et de sa vulnérabilité vis-à-vis de la pollution.

Il s'agit de faire le bilan de toutes les situations qui permettent aux excréta d'être en contact avec l'eau que cela soit de façon directe comme la défécation dans l'eau, ou indirecte (cas des eaux de ruissellement). Ce bilan doit être mené sur toute la filière de l'eau, depuis le point d'eau jusque chez les consommateurs.

Le risque doit être évalué en prenant en compte les facteurs situés dans la colonne de gauche du schéma ci-dessous :